Langkah awal yang perlu dilakukan STTAES adalah meningkatkan kualitas SDM yang dimiliki, baru kemudian sarana dan prasarana lainnya. Peningkatan kualitas SDM meliputi kualitas intelektual, rasional, teknologi dan pembinaan keyakinan agama. Aspek teknologi dan ketrampilan bersifat universal, sehingga peningkatan kualitatifnya menggunakan pendekatan global, sehingga sebaiknya merujuk ke tingkat negara maju yang sudah mapan.

Langkah berikutnya adalah penyempurnaan kurikulum yang secara operasional tidak hanya membina kemampuan kognitif tetapi termasuk aspek ketrampilan dalam bidang teknologi dan perilaku. Penyempurnaan kurikulum menggunakan pendekatan “Integral” untuk penguasaan ilmu secara mendalam yang mampu mengaitkan antara satu cabang ilmu dengan cabang lainnya, bukan pendekatan “diferensial” yang menyajikan ilmu secara terpisah-pisah sehingga akan kehilangan kemampuan pandangan komprehensifnya. Konsekuensinya akan mengurangi jumlah mata kuliah yang harus ditempuh, tetapi meningkatkan bobot SKS secara proporsional, sehingga penguasaan ilmu akan lebih mendalam, akhirnya akan dihasilkan output yang profesional dalam bidangnya.

STTAES sampai saat ini menggunakan kurikulum Nasional (depag Kristen) dan lokal. Beragamnya kurikulum ini menunjukkan bahwa STTAES sangat mempedulikan relevansi pendidikan yang diselenggarakannya dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan dinamika kebutuhan masyarakat. kurikulum itu semua akan segera diganti kurikulum baru yang memiliki ciri utama berbasis kompetensi. dengan demikian program studi harus serius mengembangkan kurikulum berbasis kompetensi agar lulusan yang dihasilkan memiliki kompetensi dan daya saing yang tinggi.

Langkah selanjutnya adalah menyesuaikan sistem organisasinya menjadi sistem network bukan hirarki atau matriks, sehingga manajemen akan mengarah menjadi selfentrepeneurship bukan komando atau pendelegasian. Perilaku yang diharapkan adalh disiplin pribadi, bukan ketaatan pada perintah atau loyalitas terhadap atasan yang buta. Akibatnya setiap individu dalam suatu organisasi harus sudah memiliki visi yang masing-masing akan disinergikan melalui network, jadi masing-masing individu dalam organisasi harus diberdayakan, artinya setiap Individu harus bisa belajar sendiri, mampu menyesuaikan diri, mampu melakukan tugas tanpa harus selalu diawasi dan memiliki wewenang yang proporsional.

Prof.DR. Hendrik Masengi M.Div,M.Th sebagai ketua dan pendiri STTAES, bertekad untuk membangun STTAES ini secara bersama, yang secara luas dapat digambarkan dalam metafora: dari kita, oleh kita dan untuk kita. Implementasinya dengan menerapkan kepemimpinan yang sangat menghargai kebersamaan yang besar kepada para pembantu ketua dosen, untuk berprakasa bagi semua anggota sivitas akademika dan seluruh pegawai, agar mampu melakukan tugas dan wewenangnya secara kreatif dan bertanggung jawab, dengan cara memberikan iklim yang kondusif. kebersamaan dalam arti sinergis untuk mengembangkan STTAES sangat penting untuk mengubah STTAES ini menjadi salah satu Sekolah Tinggi yang unggul dalam membidik calon guru dan calon ilmuwan di berbagai bidang keilmuan.